• Ανάπτυξη, δομικές και κοινωνικο-οικονομικές ανισότητες και οικονομική κρίση: Εξετάζονται θέματα που αφορούν τις δομικές ανισότητες που παρατηρούνται με όρους γεωγραφικούς (Βορράς – Νότος, Ανατολική – Δυτική Κρήτη), αλλά και με κοινωνικο-οικονομικούς όρους (αστικός – αγροτικός τομέας, τουριστικός – αγροτικός χώρος, αναπτυγμένες και περιθωριοποιημένες περιοχές και κοινωνίες), καθώς και οι πολιτικές καταπολέμησης των ανισοτήτων αυτών. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στις επιπτώσεις της ύφεσης στο παραγωγικό σύστημα της Κρήτης, και παράλληλα στην ανάδειξη των συγκριτικών πλεονεκτημάτων και των αναπτυξιακών δυνατοτήτων και πρωτοβουλιών της τοπικής οικονομίας (στον πρωτογενή, δευτερογενή & τριτογενή τομέα) στο νέο εθνικό και διεθνές περιβάλλον.  Τέλος, εξετάζονται ζητήματα περιβάλλοντος, βιώσιμης ανάπτυξης   και εναλλακτικών μορφών ενέργειας, καθώς και καινοτόμες δράσεις νέων τεχνολογιών και επιχειρηματικότητας για την παραγωγή γνώσης, προϊόντων και υπηρεσιών.
  • Κοινωνικές επιπτώσεις της κρίσης και δίκτυα αντιμετώπισής της: Αναλύονται οι επιπτώσεις της κρίσης στον κοινωνικό ιστό και την κοινωνική συνοχή, και οι συνέπειες που έχουν οι αλλαγές που επέφερε η κρίση στις πιο ευάλωτες κοινωνικές ομάδες.  Διερευνώνται ακόμη οι οργανωτικές μορφές και οι πρακτικές με τις οποίες εναλλακτικά δίκτυα, κοινωνικά κινήματα και οργανώσεις της κοινωνικής και αλληλέγγυας οικονομίας απαντούν στις συνθήκες της κρίσης.
  • Πολιτική: Εξετάζονται οι παράμετροι του πολιτικού φαινομένου και της σχέσης αυτού με τα κοινωνικο-οικονομικά προβλήματα στην Κρήτη: Πολιτική συμμετοχή & Πολιτική- εκλογική συμπεριφορά.  Διακυβέρνηση και πολιτική σε περιφερειακό – αυτοδιοικητικό επίπεδο.  Αναπτυξιακή ατζέντα και στρατηγική.  Εξετάζονται ακόμη ζητήματα που αφορούν την κοινωνία πολιτών, όπως δράσεις και κινήματα οικολογικά, αλληλεγγύης, ομάδες συμφερόντων, κινητοποιήσεις, απεργίες, πελατειακές σχέσεις, κ.λπ. Έμφαση θα δοθεί και σε ζητήματα που αφορούν το θεσμό της Τοπικής Αυτοδιοίκησης τόσο σε σχέση με την Περιφερειακή – Αυτοδιοικητική Οργάνωση και κεντρική διακυβέρνηση (π.χ. προβλήματα λόγω «Καλλικράτη» και «Αθηναϊκού Κράτους»), όσο και σε σχέση με την ευρωπαϊκή της διάσταση (Η Κρήτη ως Ευρωπαϊκή Περιφέρεια).
  • Ζητήματα υγείας: Εστιάζεται σε ζητήματα υγείας και κοινωνικής φροντίδας στην περιφέρεια της Κρήτης, δίνοντας έμφαση στη διερεύνηση των υπαρχουσών δομών και των ελλείψεων σε ζητήματα περίθαλψης, ψυχικής υγείας και τοξικοεξάρτησης, καθώς και των αυτοκτονιών.  Στην ίδια ενότητα διερευνώνται και πολιτικές πρόληψης στον τομέα της υγείας μέσα από τη χρήση κοινωνικών δικτύων και εναλλακτικών μορφών αντιμετώπισής των.  Σε αυτήν την κατεύθυνση διερευνώνται οι προοπτικές της συνεργασίας της εκπαιδευτικής κοινότητας και του πανεπιστημίου, η ανάπτυξη δομών ψυχικής υγείας και στήριξης των χρόνιων πασχόντων στο νησί, η αγωγή ειδικών πληθυσμιακών ομάδων (π.χ. μαθητών), η συγκρότηση κοινοτικών και εθελοντικών  μορφών διαχείρισης της υγείας (π.χ. Κοινωνικά Ιατρεία), κ.λπ.
  • Ανεργία, απασχόληση, φτώχεια και κοινωνικός αποκλεισμός: Η ενότητα αυτή αποσκοπεί να διερευνήσει τα σοβαρά κοινωνικά ζητήματα στην περιφέρεια Κρήτης, όπως ανεργία, απασχόληση, φτώχεια, ξενοφοβία, ρατσισμός, προσφυγικό ζήτημα, τις επιπτώσεις τους, καθώς και τις πολιτικές πρόληψης και πρωτοβουλίες καταπολέμησης αυτών των προβλημάτων.
  • Ανομία, παραβατικότητα, εγκληματικότητα, αστυνόμευση: Ποιες είναι οι κύριες όψεις τα αίτια και οι εστίες των φαινομένου της παραβατικότητας και εγκληματικότητας στην περιφέρεια Κρήτης, καθώς και οι μηχανισμοί πρόληψης και αποτελεσματικής ή μη διαχείρισης των προβλημάτων αυτών.
  • Εκπαίδευση: Εξετάζονται ζητήματα που αφορούν τις υποδομές των εκπαιδευτικών μονάδων και τα προβλήματα της εκπαιδευτικής κοινότητας όλων των βαθμίδων, αλλά και ευρύτερα κοινωνικά προβλήματα που συνδέονται με τον τομέα της εκπαίδευσης: σχολική διαρροή, σχολική βία, κ.λπ.  Έμφαση δίνεται στη συγκρότηση εναλλακτικών εκπαιδευτικών στρατηγικών για την κοινωνική ένταξη στην εκπαιδευτική διαδικασία ευάλωτων ομάδων.
  • Τουρισμός: Εξετάζεται ο τουρισμός ως στρατηγικός πυλώνας ανάπτυξης της Κρήτης και τα επιμέρους προβλήματα υποδομών, ποιότητας, προσωπικού, μεταφορών, πρακτόρων, κ.λπ.  Ακόμη, διερευνώνται ζητήματα που αφορούν νέες εναλλακτικές μορφές τουριστικής ανάπτυξης, όπως οικοτουρισμός, κ.ά.
  • Ποιότητα Ζωής: Η διερεύνηση του κόστους ζωής με συγκριτικά ποσοτικά και ποιοτικά δεδομένα ανάμεσα στα μεγάλα αστικά κέντρα της Κρήτης, αλλά και συγκριτικά με την υπόλοιπη χώρα, του περιβάλλοντος (πράσινο, αυθαίρετη δόμηση, διαχείριση απορριμμάτων, ρύπανση, κ.λπ.), των υποδομών, του οδικού και μεταφορικού δικτύου  (τροχαία ατυχήματα, ασφάλεια).
  • Δημογραφικό Πρόβλημα: Η ανάλυση δημογραφιών δεδομένων (γεννήσεις, θάνατοι, γάμοι, διαζύγια, γήρανση πληθυσμού) και οι επιπτώσεις τους στην κοινωνία, οικονομία, εκπαίδευση, υγεία, κ.λπ.